Johann Sebastian, tout exigeant qu'il était en matière musicale, reconnaissait en son fils un élève fort doué et prévoyait pour lui l'avenir le plus brillant. Dès son enfance, il acquiert une maîtrise complète du contrepoint, montre des dispositions exceptionnelles pour l'orgue et le clavecin ainsi que pour le violon. Cependant son caractère difficile et sa personnalité tourmentée feront de lui, en quelque sorte, un compositeur de renom moindre. Sa tentative d'exercer le métier de musicien indépendant se solde, financièrement, par un échec. Mais cet échec est probablement dû aussi à son instabilité ou au fait qu'il ne soit pas parvenu à se différencier suffisamment de son père ; ce qui n'est pas le cas de ses frères, Carl Philipp Emanuel ou Johann Christian, qui ont anticipé et accompagné l'évolution de la musique durant une période marquée par le passage du baroque au classicisme. Wilhelm Friedemann et son frère Carl Philipp Emanuel héritèrent tous deux de l'œuvre de leur père. Mais, contrairement à son frère cadet qui fut un conservateur soigneux des documents dont il avait hérité, Wilhelm Friedemann dispersa les siens, d'où de regrettables pertes. Il s'est par ailleurs prétendu auteur de certaines compositions de son père en écrivant son nom en tête des manuscrits, ce qui a induit des éditeurs en erreur (par exemple, le concerto pour orgue BWV 596 qui lui a été pendant longtemps faussement attribué).